工程研究中心作为非法人实体汽车制造业领域工程中心，在国家发改委与教育部的指导下，工程中心依托同济大学，采取理事会领导下的主任负责制，并充分发挥技术委员会的咨询和指导作用。工程中心设置研究开发部和试验试制部，有组织开展科技创新和公共试验服务。工程中心以同济大学全资的同济汽车设计研究院有限公司为转化平台，通过多种模式联合推动校地和校企合作共建，实现科技成果转移转化。

工程研究中心建立了“校内多学科交叉，校外产学研协同”的运行模式。在校内，以车辆工程、动力工程与工程热物理学科为核心，强化与交通、电信、计算机、材料等多学科的跨学院交叉融合；在校外，与上汽集团、潍柴动力、德国保时捷等企业，及上海市、南昌市、深圳市等推进产学研协同创新。通过联合各方优势资源构建大的科研平台，平年每年科研经费约1.5亿元。目前中心经国家或上海市政府认定的研发基地称号有国家燃料电池及动力系统工程技术研究中心、新能源汽车及动力系统国家工程实验室、国家级国际联合研究中心等十余项。中心团队立足于新能源汽车的优势，开展深入的应用基础及工程技术研究，形成可市场化关键技术，成为下一代车用新能源和智能汽车领域关键技术的策源地。

工程研究中心建立了需求导向的人才培养的模式与机制，围绕智能型新能源汽车工程化、国际化、创新型高级人才培养目标，中心创新性的提出了本硕“四轮驱动”培养模式、预备博士生“征招”机制和青年英才“基金”计划，建立了全方位、多层次、创新性的人才培养体系，既有力支撑了中心发展对人才的需求，又为行业输送大量高素质、覆盖各专业领域、各层次需要的创新型人才。

根据工程研究中心科研项目及任务，定期对科研团队人员的科研工作进行回顾与总结，对承担任务完成情况、学术影响、获奖情况、成果转化、队伍建设等进行考评。对团队人员实行任务导向的分级考核，任务指标逐层分解，责任层层对应落实到团队首席、科研骨干个人。建立绩效考核指标体系，实施全量化、全员绩效考核，任务结束或者考核不合格时进行解聘。

工程研究中心明确了团队在技术成果转化收益中的主体地位，确定了创新成果转移分配机制，针对成果主要完成人，成果转化收益基本分配比例可根据成果产生过程中各方贡献量的具体情况，与其他完成人协商；针对成果做出重要贡献的机构或人员，成果转化收益基本分配比例也可根据成果转化过程中的具体贡献，与主要完成人协商调整。